藍染が捕縛され、平和な日々が戻った現世と尸魂界（ソウル・ソサエティ）。 一護は日々薄れていく死神の力を感じつつも、以前と変わらない日常を過ごしていた。 そんな中、尸魂界では断界に行った死神たちが連絡を絶ち、行方不明になるという事件が発生する。 しかし行方不明になったはずの者がその後何事もなく現れる。 どうやら断界内に時間のずれが生じているらしい。 護廷十三隊はマユリを調査隊長とし、剣八・白哉・日番谷・恋次の面々で断界の調査を開始する。 現世では、コンが路上で倒れている少女を見つけ、連れて帰ることに…