ギアーデ帝国が開発した 完全自立無人戦闘兵器〈レギオン〉の侵攻に対応すべく、 その隣国であるサンマグノリア共和国が開発した無人戦闘兵器〈ジャガーノート〉。 だが、無人機とは名ばかりであり、そこには“人”として認められていない者たち―― エイティシックス――が搭乗し、道具のように扱われていたのである。 エイティシックスで編成された部隊〈スピアヘッド〉の隊長である少年・シンは、 ただ死を待つような絶望的な戦場の中で、ある目的のために戦いを続けていた。 そこに新たな指揮管制官〈ハンドラー〉として、 共和国軍人のエリート・レーナが着任する。 彼女は幼い頃、エイティシックスに命を助けられた経験を持ち、 “人型の豚”として蔑まれていた彼らを人間として接しようとしていた。 戦争のための道具でしかなかったエイティシックスの少年と、 将来を嘱望されるエリートの才女。 決して交わることがなかったはずのふたりが、 激しい戦いの中で未来を見る――。