全人類が、謎の現象により一瞬で石化して数千年——。 超人的な頭脳を持つ、根っからの科学少年・千空が目覚めた。 文明が滅んだ石の世界を前に、 千空は、科学の力で世界を取り戻すことを決意。 新たな仲間を集め『科学王国』をつくりあげる。 火、鉄、電気、ガラス、ケータイ…… 石器時代から現代文明まで、科学史200万年を駆け上がる千空たち。 しかし、そこへ霊長類最強の高校生・獅子王司が率いる『武力帝国』が 立ちはだかる。 人類浄化を目指す司は、強大な武力によって、科学の発展を 阻止しようとするのだったー STONE WARS、いざ開戦！